Конфликт с начальством

Здравствуйте, а с чьей стороны Вы исключаете зависть?

Аля, здравствуйте! А Вы чувствуете зависть в себе, к тому, что она начальница, к тому, что у неё семья, дети, муж?
Возможно, Вам захочется закидать меня помидорами, но у меня сложилось такое ощущение, что начальница тут, совсем, ни причём. Начальник имеет должностное право указать сотруднику, в какое время тот, должен приходить на работу. А куда ходит сам начальник – это вопрос не Вашей компетенции. И отгулы Вы всё же получаете.
Мне кажется, что источником Вашего внутреннего конфликта являются Ваши же неудовлетворённые амбиции, потребности, желания. Ведь, когда человек самореализован, ценит сам себя, то поход к начальству воспринимается никак унижение, а как часть рабочего процесса. Возможно, эти потребности не имеют ничего общего с Вашей работой, начальницей. Это могут быть неудовлетворённости в личной жизни, недостаточное самоутверждение себя как женщины.
А внутренние неудовлетворённости выливаются вот в такой форме: на работе Вы хотите получать большее подтверждение своей значимости, чем это в принципе предусматривается в плоскости отношений начальник – подчиненный. Значимость сотрудника на работе пропорциональна его профессионализму и пользе для предприятия. Я вижу решение Вашей ситуации в поиске истинных причин Вашего внутреннего конфликта. А ситуации, в которые Вы попадаете можно воспринимать как уроки и возможности набраться опыта конструктивного выхода из них. Желаю Вам Удачи!

вот сегодня сообщила, что завтра беру отгул, она придралась, что я опоздала на работу, пришла позже

- вот по этому Вы должны ей напомнить о том на какие условия Вы договорились работать. И напоминать ей каждый раз об этом.

Alya, Вы сами пишете «проблема моя в том, что я не могу просить мне трудно, кажется, что я унижаюсь». Вот с этим и нужно разбираться.
Можете найти психолога в вашем городе и обратиться очно.
Важно понять, в каких именно ситуациях возникает такое ощущение, что Вы делаете, чтобы избежать такого неприятного состояния (например, «чаще раньше, чем надо прихожу или сижу без обеда, обедаю на рабочем месте»?). Как Вы в принципе чувствуете себя в позиции подчиненного, умеете ли отстаивать свои границы. Объективны ли, не видите ли придирки там, где их нет (например, Вы действительно опоздали на работу, но говорите об этом, как о мелочи). Много направлений для изучения, формат сайта не дает возможности углубленной работы.